Dirintis di atas lahan hibah, pembangunan Pondok Pesantren Al-Khoirot Malang ternyata dipandu oleh visi yang jauh ke depan. Sejak dini, para santri diajari untuk akrab dengan dunia penulisan dan penerbitan. Kini, Pondok Al-Khoirot menjadi salah satu pesantren terbesar di Jawa Timur.
Pembuka jalan itu adalah seorang perempuan. Suatu hari di tahun 1960-an, perempuan itu menemui Kiai Syuhud Zayyadi. Perempuan asal Desa Bulupitu, Kecamatan Gondanglegi, Kabupaten Malang, itu bernama Hj Siti Ruqoyyah. Adapun, Kiai Syuhud saat itu terbilang keluarga muda, yang baru mulai merintis pengajaran agama di kediamannya.
Rupanya, Hj Siti Ruqoyyah tergolong orang berpunya. Kepada Kiai Syuhud, Siti Ruqoyyah berniat mewakafkan salah satu dari tiga bidang tanah yang dimilikinya. Atas beberepa pertimbangan, akhirnya keduanya bersepakat bahwa Siti Ruqoyyah akan menghibahkan, bukan mewakafkan, salah satu bidang tanahnya untuk pengembangan pesantren.
Rupanya tidak mudah bagi Kiai Syuhud untuk menentukan bidang tanah yang akan dipilihnya. Tiga bidang tanah milik Siti Ruqoyyah masing-masing berada di Desa Bulupitu, Desa Karangsuko, dan Desa Jogosalam. Setelah berkonsultasi dengan beberapa orang, termasuk dengan Kiai Abdul Hamid Bakir bin Kyai Abdul Majid, pengasuh Pondok Pesantren Darul Ulum Banyuanyar, Pamekasan, Madura, Kiai Syuhud memilih tanah yang berlokasi di Desa Karangsuko, Kecamatan Gondanglegi. Lahan ini dipilih dengen pertimbangan strategis, lokasinya berada di Jalan Sumbertaman (yang kelak berubah menjadi Jalan Kyai Syuhud Zayyadi).
Diawali Ramadan
Setelah Hj Siti Ruqoyah dan Kiai Syuhud bersepakat, akhirnya pada bulan Ramadhan tahun 1963, Kiai Syuhud resmi pindah dari Jalan Murcoyo Gondangelgi ke Desa Karangsuko. Di lahan yang baru seluas 1,8 hektare ini, ia mendirikan Pondok Pesantren Al-Khoirot khusus untuk santri putra. Yang pertama dibangun adalah rumah untuk pengasuh, musala, dan pondok santri putra.
Pada mulanya, yang nyantri di pondok ini hanya beberapa orang yang tak lain adalah keponakan Kiai Syuhud sendiri. Mereka berasal dari Pamekasan, Madura. Dan setahun kemudian baru ada santri yang dari Malang sendiri.