Dari semenjak berdiri, Pondok Pesantren Pembangunan Miftahul Huda atau lebih dikenal dengan Pesantren Cigaru ini telah mengalami lika-liku perjuangan yang panjang. Secara garis besar, kini pesantren yang berada di Cigaru, Majenang, Cilacap, Jawa Tengah ini sudah bisa dikatakan memasuki lima masa atau periode perjalanan sejarah.
Masa Embrional (1920-1935)
Pada masa ini, Pesantren Cigaru hanya memiliki beberapa santri saja bahkan di bawah 10 santri yang diasuh oleh KH Abdul Madjid. KH Abdul Madjid sebenarnya berasal dari Desa Klangon, Karanganyar, Kebumen. Namun, beliau bermukim ke Cigaru dan mendirikan masjid atas bantuan lurah yang bernama Karmanom. Kemudian masjid Cigaru terkenal dengan sebutan namanya “Karmal Madjid” Gabungan dari nama Karmanom dan Abdul Madjid.
Seiring berjalannya waktu, wibawa dan kharisma beliau mulai nampak serta berpengaruh ke dalam masyarakat sekitar. Dan itu juga tidak bisa dilepaskan dari para santrinya yang ikut merintis dan memperjuangkan Pondok Pesantren Cigaru, di antaranya ada Salaman, Dimungkinkan, Salam, Sairodi, Mad Karman, dan Yasir.
Dari sinilah awal mula berdirinya Pesantren Cigaru, yang kemudian berkembang pesat setelah pesantren ini diwariskan kepada menantunya, yaitu KH Sufyan Tsauri.
Masa Perkembangan (1935-1948)
Pada masa ini, pesantren diasuh KH Sufyan Tsauri, menantu dari KH Abdul Madjid. Dengan berpegang teguh pada amanat sang mertua, maka KH Sufyan Tsauri dalam waktu yang relatif singkat bisa membawa perubahan yang cukup drastis. Pesantren Cigaru telah dipenuhi oleh para santri yang berdatangan dari berbagai pelosok Pulau Jawa, bahkan ada yang datang dari Singapura dan Malaysia.
Di masa ini, Pesantren Cigaru boleh dikatakan menjadi sumber ilmu pengetahuan agama Islam untuk wilayah Banyumas Barat. Bukan hanya itu, Pesantren Cigaru juga melahirkan alumni yang berpengaruh di tengah-tengah masayarakat dan pemerintahan.
Masa Fatroh (1948-1964)
Ketika Pesantren Cigaru sedang jaya-jayanya, di saat yang bersamaan pula rakyak Indonesia sedang hebat-hebatnya melakukan revolusi fisik dalam upaya mempertahankan kemerdekaan. KHSufyan Tsauri juga ikut bergerilya bersama anak buah dan juga para santrinya. Maka secara otomatis pesantren berada dalamnya keadaan kosong.
Demikian halnya dengan masa depan Pesantren Cigaru setelah wafatnya KH Sufyan Tsauri, keadaan semakin hari kian mundur akibat situasi politik. Pada 1950-an, Pesantren Cigaru bisa dikatakan mati suri.
Masa ini menjadi lembaran hitam yang paling menyakitkan, di mana putra almarhum belum ada yang dewasa, sedangkan KH Salamun menjadi korban fitnah yang kemudian dimasukkan ke penjara Nusakambangan bersama tokoh-tokoh umat Islam lainnya.
Masa Pertumbuhan (1964-2012)
Di masa ini, atas prakarsa Kiai Salamun, menantu dari KH Abdul Madjid dan Kiai Djarir sebagai putra sulung dari KH Sufyan Tsauri mengumpulkan puing-puing reruntuhan pesantren untuk kembali ditegakkan. Dengan modal hanya beberapa santri yang kebanyakan dari tetangga desa, maka Pesantren Cigaru mulai tumbuh kembali.
Seangkatan dengan kembalinya Pesantren Cigaru, tumbuh pula beberapa pesantren kecil di daerah Majenang yang pengasuhnya adalah alumni santri Cigaru pada masa KH Sufyan Tsauri. Di antaranya adalah Pondok Pesantren Cigaru 2, Ponpes Nyakra Salebu, dan Bendasari Majenang.
Masa pergerakan (2012- sekarang)
Pesantren Cigaru kembali bergeliat melakukan aktivitas pergerakan dan perkembangan hingga sekarang, di bawah asuhan KH Mukhlis Sufyan, putra ke enam dari KH Sufyan Tsauri. Di bawah kepemimpinannya, Pesantren Cigaru mulai menampakkan cahanya kembali, berkembang semakin pesat. Berkat asuhan beliau dan sanak saudaranya yang terus mendukung dan memperjuangkannya, akhirnya pada 2012 Pesantren Cigaru mendapat sertifikat ISO 900:2008. Dan ini menjadi sesantren salafiyah pertama di Indonesia yang mendapat pengakuan internasional.
Menurut KH Mukhlis Sufyan, proses mendapatkan ISO tidak semudah membalikkan telapak tangan. Artinya memerlukan waktu dua tahun yang dilakukan Mutu Certification International untuk melakukan pengecekan sistem pendidikan yang diterapkan di Pesantren Cigaru.