Sebagai salah satu pesantren tertua di Jawa Timur, Pondok Pesantren Langitan di Kabupaten Tuban ini sudah melahirkan banyak ulama yang tersebar di seluruh wilayah di Indonesia. Meskipun, sekarang ini diberi nama Al-Ma’had al-Islamy al-Syafi’i, akan tetapi nama Langitan memang tidak bisa hilang begitu saja. Nama Pondok Langitan tetap melekat kuat.
Pada awalnya, Pondok Pesantren Langitan dibangun di atas tanah ladang di tepi sebelah utara Bengawan Solo. Karena merupakan daerah yang sering terkena dampak banjir, lokasi pesantren dipindahkan di sebelah utara Tangkis bagian utara di tepi jalan provinsi yang menghubungkan Tuban dan Babat dengan Surabaya. Pemindahan lokasi dilakukan pada 1904 M.
Tuban sendiri adalah kota di Pantai Utara Jawa Timur yang ramai dan penting dalam perjalanan sejarah bangsa Indonesia. Selain sebagai bandar berpengaruh, juga merupakan pusat pengembangan agama Islam selain di Sedayu, Gresik, Surabaya, dan lainnya. Daerah Widang, letak Pondok Pesantren Langitan berada, adalah daerah yang ramai. Lokasinya yang dekat dengan Bengawan Solo merupakan jalur lalu lintas perdagangan dan penambangan potensial bagi masyarakat dan para pedagang dari kota-kota besar menuju kota-kota dan tempat perdagangan yang terletak di sepanjang perairan tersebut, baik yang ada di daerah pedalaman maupun yang ada di tepi pantai.
Sejarah nama Pondok Pesantren Langitan memiliki beberapa versi. Namun, satu sama lainnya saling melengkapi. Pertama, Langitan merupakan perubahan dari kata Ngelangitan, gabungan dari kata Ngelangi (Jawa) yang berarti berenang dan Wetan (Jawa) yang berarti Timur. Hal ini dikaitkan dengan cerita adanya seseorang yang bermaksud tirakat dengan berenang di Sungai Bengawan Solo dalam tujuh kali putaran dari arah Barat ke Timur. Pada putaran terakhir ia keluar dari air dan bertemu dengan Syeikh Muhammad Nur. Sejak saat itulah dinamai dengan Pesantren Ngelangitan.