Sebagai seorang alumnus pondok pesantren yang menggabungkan antara tradisi pesantren dan pendidikan sekolah, saya merasa keduanya memang tidak bertentangan. Pondok saya menerapkan sistem terpadu (keterpaduan) antara tradisi pesantren, disiplin Pondok Modern Gontor, sekaligus kurikulum sekolah.
Usai menamatkannya selama enam tahun, saya kemudian merasa berbeda ketika melanjutkan studi ke salah satu perguruan tinggi negeri (kampus umum) di Yogyakarta. Perbedaan tersebut saya rasakan ketika bertemu teman-teman kuliah yang notaben lulusan sekolah umum, sama berbeda pula dengan beberapa teman kampus yang lulusan dari Pondok Modern Gontor, begitu pun ketika masa kuliah saya bermukim di pondok yang mengkhususkan diri pada praktik dan pelajaran Islam klasik abad pertengahan yang dikelola oleh yayasan filantropi dunia yang berpusat di Turki. Namun, semua perbedaan dari corak-corak tersebut bisa saya jalani dan selesaikan secara beriringan.
Pesantren karena sejak awal merupakan tempat transmisi ilmu agama, makai a hampir sama sebagaimana biara-biara di Eropa, mandala-mandala Budha, atau asrhram-asrham Hindu; semuanya berakar dan berorientasi pada pembentukan praktik etika dan wawasan moral agama. Secara otomatis dari rentang kemunculannya hingga sekarang, pesantren berada di jalur pendidikan moral sebagai sarana untuk berkhidmat dan berjuang.
Dalam catatan sejarah Indonesia, pesantren memiliki kompleksitas dan keunikan tersendiri. Secara corak ia merupakan keberlanjutan dari asrama Hindu dan mandala Budha, namun secara agama ia sudah bertranformasi dan berubah total pada Islam. Namun dengan kompleksitas dan keunikan itu, pesantren justru bisa continue dan sustainable hingga hari ini.
Nusantara di abad ke-16, sebagaimana dalam catatan-catatan sejarah Asia Tenggara, (Lihat Antony Reid, Asia Tenggara dalam Kurun Niaga 1450-1680: Tanah di Bawah Angin, Jilid 1), Islam berada di pusaran kota-kota bandar. Hampir semua kepulauan terdapat kesultanan-kesultanan Islam, dan yang menunjang sarana pendidikannya adalah pesantren. Kemudian memasuki paro pertama abad ke-17, muncul kongsi dagang asing (VOC) dan pemerintah kolonial yang memukul mundur kesultanan Islam dari pusaran-pusaran bandar itu.