Ma’had atau funduq (bahasa Arab) adalah sebuah bangunan yang ditempati oleh para murid untuk mempelajari ilmu agama. Kehadiran ma’had telah ada sebelum agama Islam masuk di Nusantara pada era ananisme dan dinamisme atau sebutlah pra-Islam. Baru kemudian, setelah tersebarnya Islam di Nusantara, nilai-nilai Islam diterapkan di dalamnya. Di Jawa, istilah ma’had dikenal dengan nama pesantren, di Aceh disebut dayah, di Sumatera Barat disebut sebagai surau, namun di beberapa daerah di Sumatera Barat juga disebut pondok.
Menurut penelitian yang dilakukan oleh Departemen Agama pada tahun 1984-1985, bahwa pondok pesantren pertama dan tertua di Nusantara adalah pesantren Jan Tampes, yang terletak di Pamekasan, Madura.
Penelitian itu tak senada dengan apa yang disampaikan Shadiqin, bahwa pada masa kerajaan Islam Pareuleak, yang berdiri pada tanggal 1 Muharrom 225 Hijriyah/ 839 Masehi, telah ditemukan Lembaga Pendidikan Islam yang bernama Dayah Cot Kala; yang menjadi pusat penyebaran dan pengembangan keilmuan Islam di Aceh.
Kemudian, pada masa Kerajaan Samudra Pasai sekitar tahun 1290 Masehi, berdiri pesantren-pesantren lain, seperti Teungku di Geureudong, Teuku Cot Mamplang, dan beberapa pesantren lain.
Pendirian pondok pesantren di Jawa dipelopori oleh Sayyid Maulana Malik Ibrahim (w.tahun 12 Rabiul Awal 822 Hijriyah/ 8 April 1419) di Gresik, Jawa Timur. Kemudian dilanjutkan oleh para wali yang terkenal dengan sebutan Wali Songo. Mereka mengajak masyarakat untuk meninggalkan sesembahan selain Allah Swt, seperti arwah-arwah nenek moyang, batu, tugu, dan lain sebagainya, untuk mememluk agama Islam dan menyembah Allah Swt.
Pada abad ke-18 M, pondok pesantren di Jawa mengalami perkembangan pesat. Hal ini ditandai dengan berdirinya pondok-pondok pesantren di bagian timur dan barat pulau Jawa. Salah satunya adalah pesantren Sidogiri di Pasuruan. Pesantren ini didirikan oleh Sayyid Sulaiman bin Abdurrahman Basyaiban (w.1780) pada tahun 1745. Beliau adalah salah satu alumni pesantren Sayyid Rahmat bin Sayyid Ibrahim Asmoroqondy.