Pesantren menjadi lembaga tertua di bumi Nusantara sebelum sistem lembaga pendidikan yang lain ada. Ini, secara sosio-historis, majelis ilmu sudah termanifestasikan dengan adanya pondok dan surau-surau di berbagai penjuru Nusantara.
Proses islamisasi di Nusantara secara historis menjadi proses awal yang tidak boleh terhapus oleh zaman. Nilai-nilai Islam yang dibawa para intelektual dari negeri seberang menorehkan kejayaan di bumi Nusantara ini. Ini menjadi proses yang lama dan penuh rintangan dari penduduk asli Nusantara dalam menerima islamisasi.
Menurut teori, penyebaran Islam di Nusantara berlangsung dari empat sumber: penyebaran datang dari Arab, dari China, Eropa, dan dari Hindia. Secara garis besar memang belum bisa terindentifikasi kejelasan dari empat negeri itu. Akan tetapi, perbedaan ini tidaklah mengapa, yang terpenting Islam telah menyebar di Nusantara.
Prof KH Agus Sunyoto, penulis buku Atlas Wali Songo, pernah berkata dalam satu ceramahnya, bahwa Nusantara ini awalnya mempunyai agama yang tumbuh subur dari manusia asli pribumi itu sendiri, yakni agama “kapitayan”, agama yang mempercayai segala hal yang mempunyai kekuatan (energi mistis) dari Tuhan. Kita sering mendengarnya dengan istilah animisme dan dinamisme, mempercayai pada roh-roh leluhur atau tempat dan benda keramat.
Dengan demikian, Islam, seperti halnya Hindu dan Budha, bukan asli agama dari bumi Nusantara. Namun, keberadaan pondok, surau, atau langgar adalah bukti bahwa Islam telah lama hadir di Nusantara. Kelembagaan pesantren tidak berbasis pendidikan formal seperti yang sekarang kita ketahui, akan tetapi lebih merupakan sistem pendidikan informal, yakni sistem yang dibentuk oleh pemimpin/sunan /ajengan/kiai secara terpusat (khusus). Tidak heran corak pesantren begitu banyak dengan kekhasan sendiri-sendiri.
Dalam perkembangannya, pesantren menjadi corak keberislaman muslim di negeri ini. Salah satu corak Islam di Nusantara adalah berbedanya menyikapi nilai-nilai Islam yang berasal dari jazirah Arab dengan mengkonstruksikan nilai-nilai Islam yang bersumber dari al-Quran dan Hadits, kemudian disesuaikan dengan kultur, budaya, serta historis daerah masing-masing.