Pondok pesantren merupakan tempat di mana para santri mempelajari ilmu-ilmu agama dan ilmu-ilmu yang lainnya agar segala ilmu yang telah dipelajari di pesantren dapat diamalkan dan diajarkan kepada orang lain.
Keberadaan santri dan kiai di dalam pondok pesantren menjadi ciri khas yang ada di dalam pondok pesantren. Di pesantren, santri menimba ilmu bukan hanya dari aspek intelektual, tetapi spiritual atau pendidikan jiwa. Itulah yang diajarkan kiai kepada santrinya.
Beragam cara dilakukan kiai untuk memberikan pendidikan kepada santri. Ketika santri disuruh atau ketika santri diperintah oleh kiainya, hal tersebut merupakan proses pembersihan hati, proses pembenahan diri, atau proses pengangkatan derajat bagi santri tersebut. Ada nilai pendidikan untuk menghapus segala kesombongan dan penyakit hati yang ada di dalam diri santri tersebut.
Mungkin, sebelum masuk ke pondok pesantren, santri tersebut memiliki akhlak atau kepribadian yang buruk atau bertingkah laku kurang baik terhadap orang sekitar, terutama orang tua dan agama. Namun, ketika ia telah masuk ke pondok pesantren, sang guru atau kiai memberikan pendidikan karakter, pendidikan hati, pendidikan jiwa, agar santri tersebut menjadi pribadi yang lebih baik.
Memang, pondok pesantren bukanlah tempat jaminan untuk menjadi orang baik. Akan tetapi, di dalam pondok pesantren semua hal diajarkan dengan baik agar santri bisa melatih diri untuk menjadi orang baik. Dan ketika santri memiliki kesadaran untuk berubah menjadi lebih baik, maka hubungan antara orang tua santri dan kiai juga harus terjalin dengan baik. Sebab, ketiganya merupakan komponen yang paling utama ketika santri ingin mendapatkan ilmu yang bermanfaat di dalam pondok pesantren.
Memang, tidak dapat dimungkiri, tidak semua santri dapat mengikuti pelajaran selama di pesantren dengan seluruhnya atau menguasai seluruh ilmu yang diajarkan. Namun, sisi baiknya, aspek spiritual atau jiwa santri sudah tertanam di dalam hatinya meskipun ia belum menguasai pelajaran dan ilmu-ilmu yang berbau intelektual di dalam pondok pesantren. Dengan hal itu, santri tersebut akan memiliki kesadaran diri untuk terus berusaha menjadi lebih baik karena pendidikan sipiritualnya sudah tertanam di dalam jiwanya.