Di pondok pesantren tempat jasad Gus Dur dimakamkan, Pondok Pesantren Tebuireng Jombang, sejak tahun 1935 telah mendirikan Madrasah An-Nidzamiyah yang mengajarkan hampir 70% pendidikan umum dari berbagai kurikulum. Maka, mengenai sekolah umum yang berposisi di tengah kehidupan pesantren, bukanlah hal yang perlu diperdebatkan lagi secara terus-menerus.
Awalnya, ayahanda Gus Dur, KH Abdul Wahid Hasyim, mengajukan usul kepada Hadratussyaikh Hasyim Asy’ari untuk mendirikan sekolah umum agar para santri yang belajar tidak hanya menimba ilmu dari mempelajari kitab-kitab Islam klasik saja, namun juga mereka dapat mengantongi ilmu umum. Dalam pendapatnya, KH Abdul Wahid Hasyim mengemukakan bahwa memadukan ilmu-ilmu agama dengan ilmu-ilmu umum perlu diselenggarakan, mengingat mayoritas santri yang belajar di pesantren tidak semua bercita-cita kelak ingin menjadi ulama. Para santri itu, selain dicekoki ilmu-ilmu agama, di pesantren mereka juga perlu dibekali dengan ilmu umum. Sebab, santri-santri tersebut mesti mempunyai bakat dan kemampuan lain agar dapat dengan leluasa mengembangkan potensi yang terdapat pada dirinya.
Sehubungan dengan sekolah umum yang masuk ke lingkungan pesantren, Gus Dur sependapat dengan pandangan dan argumen yang diajukan oleh KH Abdul Wahid Hasyim, ayahandanya. Tetapi, sebagai seorang generalis, pandangan Gus Dur dalam soal ini lebih filosofis kenegarawanan dan kompleks.
Dalam tulisannya yang bertajuk Pesantren dan Sekolah Umum, Gus Dur menunjukkan dedikasi dan kepeduliannya terhadap realitas terkini pada kondisi dunia pendidikan Indonesia yang masih menyisakan beberapa persoalan yang dianggapnya belum tuntas. Terbukti dari jumlah anak yang putus sekolah (drop out), relevansi dan pergantian kurikulum, serta sisi birokrasi. Tetapi, yang perlu digarisbawahi ialah secara substansi Gus Dur memiliki keinginan besar akan terciptanya sebuah perubahan fundamental dalam dunia pendidikan Indonesia, yakni integrasi antara pendidikan umum dan pendidikan agama yang secara birokratik menyuguhkan praktik-praktik diskriminatif dalam pelaksanaannya.