Buku Islamku, Islam Kita, Islam Anda karya KH Abdurrahman Wahid alias Gus Dur membawa definisi yang luar biasa pada pondok pesantren. Menurut Gus Dur, pesantren adalah lembaga yang mampu mengadaptasikan gairah belajar dengan lingkungan sekitar. Para santri tidak hanya dituntut untuk memahami makna yang tertera dalam tumpukan kertas, melainkan turut serta menyelesaikan konflik rumit di lingkungan sekitar. Pondok pesantren seolah memberikan pesan penting bahwa inti dari suatu pembelajaran adalah menjadi yang paling bermanfaat bagi sesama.
Pembelajaran final bagi seorang santri adalah menjawab semua permasalahan yang ada di masyarakat. Untuk itulah proses pembelajaran di pesantren sedikit berbeda dengan lembaga formal lainnya. Proses pendidikan pesantren mengawal para pembelajar dari bangun tidur hingga tidur kembali. Seluruh aktivitas santri dikontrol penuh untuk menumbuhkan karakter yang baik. Selain itu, santri juga dapat mengambil contoh kehidupan penuh teladan dari sang kiai yang mengasuh pondok pesantren.
Kompleksitas yang ada dalam pondok pesantren juga tergabung dalam berbagai kegiatan yang dirancang oleh sang kiai. Kegiatan ngaji, mutolaah kitab, musyawarah, ataupun kegiatan ro’an, kesemuanya mempunyai tujuan masing-masing untuk membentuk karakter santri.
Misalnya kegiatan ro’an, dapat menumbuhkan karakter santri yang cinta terhadap lingkungan dan menumbuhkan rasa syukur yang lebih terhadap ciptaan Allah. Kemudian, kegiatan seperti ngaji, mutolaah kitab, dan musyawarah mempunyai keunggulan untuk membentuk kekuatan pikiran yang dapat digunakan menyelesaikan persoalan di masyarakat.
Bahtsul Masail menjadi program wajib yang terus lestari di pondok pesantren. Kegiatan tersebut telah memecahkan ribuan permasalahan yang belum ditemukan dalilnya. Di tingkat nasional, kegiatan bahtsul masail melibatkan banyak ulama yang berkumpul dan berdiskusi mengenai suatu permasalahan. Mereka membawa rujukan dari kitab-kitab besar karya ulama terdahulu. Dengan memakai bermacam argumentasi, mereka berdiskusi untuk menemukan solusi terbaik dari suatu permasalahan.